Innan han hittade mainstream-framgång i Marvel Cinematic Universe var Iron Man en mycket mer nischkaraktär. Denna popularitet utanför serierna matchades av hans mer nischstatus i serierna, med karaktären, trots sin miljardärstatus, i bästa fall en B-karaktär. Denna status ändrades radikalt, liksom Marvel Universe i allmänhet, vid evenemanget House of M 2005.
Denna förändring av världens historia hade mutanter som den dominerande kraften på jorden, med arterna förtryck denna gång mot människor. En av mänsklighetens största sinnen var fortfarande Tony Stark, men House of M förändrade kraftigt sitt förhållande med sin rustning, sin far och världen i allmänhet.
Som etablerat i Brian Michael Bendis och Olivier Coipels huvud House of M serien, händelsen omkonfigurerade universum så att människor var en offentligt förtryckt art som tjänade nycklarna till mutanter. Detta inträffade när en upprörd Scarlet Witch aktiverade sina verklighetsförändrande krafter i större skala än någonsin och skrev om världen i processen. I denna nya kontinuitet var Tony Stark kanske mänsklighetens mest lysande sinne, men han var fortfarande bara en man. Han var fortfarande oerhört rik, även om hans skapelser fortfarande övervakades av de härskande mutanterna som Magnetos eponymous House of M-familj.
Till skillnad från i det vanliga universum levde Tonys pappa Howard fortfarande, även om han var pensionerad från att driva deras familjeföretag. Att ta emot affärsansvar mycket senare i livet och aldrig ha tragedin att förlora sin far gjorde detta universums Tony mycket mer bortskämd och bristfällig. Till och med Howard konstaterar detta, med den här versionen av Tonys alkoholism orsakad av sin fars ständiga krångel.
Som beskrivs i Greg Pak och Pat Lee's Iron Man: House of M , Tony och Howard är båda stjärnorna i tv-serien Sapien Death Match , som sätter dem i gladiatorstrid medan de styr gigantiska mekaniska stridsdräkter. Tonys kostym är en tråkig gyllene rustning som liknar Iron I-rustningen Mark I och Mark II från 616-universum. Anslutning till dem i showen inkluderar Johnny Storm, vars kostym kan avge enorma eldsprängningar och mock-ups av Sentinel-robotarna. I det här universum har Sentinels omarbetats för att jaga och attackera människor, med någon åtgärd mot de 'officiella' modellerna som ett straffbart brott.
Bakom kulisserna skapar Tony en Iron Man-rustning för eget personligt bruk. Gjutet i det klassiska röda och guldfärgschemat, handlar denna rustning med traditionella avstötningshandbalkar eller armmonterade kanoner. Detta, tillsammans med sin skrymmande design, gör att det på något sätt liknar Generation 1-versionen av Megatron. Att stoppa en flotta av Sentinels från att döda oskyldiga människor, Iron Man blir en symbol för mänskligt motstånd och en terrorist i ögonen på världens mutanta överherrar.
Att arbeta för Tony Stark i den här världen är Hank Pym, som liksom Tony fortfarande är en människa. Pyms forskning leder honom till att kunna isolera och kartlägga det mutanta genomet, med de farliga konsekvenserna av denna upptäckt som gör det potentiellt olagligt. Efter att nästan ha sparkats av Tony och Howard försvinner Pym, och när den nyligen kallade Iron Man spårar honom, inser han hur farlig Pyms upptäckt kan vara. Pym hade skapat flera bomber som påverkade dem i närheten med X-genen och tvingade dem till genetisk smältning när bomberna aktiverades.
Efter både att ha avlyssnat bomberna och stoppat sin far och flera drönare cementerades Iron Man som en potentiell räddare för Homo Sapiens. Howard avslöjade för Tony att hans verkliga syfte var att alltid leda mänskligheten i en kamp mot mutanterna. Magneto dök upp under upproret och dödade Howard Stark, men Iron Man vägrade fortfarande att döda mutantöverherren. Denna status som huvudfigur för icke-X-Men-relaterade Marvel-karaktärer skulle återspeglas senare med Iron Mans plats i MCU, och nu mer än någonsin är han ansiktet för icke-drivna hjältar i Marvel Universe i allmänhet.
