Under republikens sista dagar, Stjärnornas krig universum fick ett massivt slag mot styrkan på ljussidan. I ett snabbt kommando aktiverade kejsaren Palpatine Order 66. Protokollet implanterades via chip i varje soldat i klonarmén och tvingade soldaterna, när de väl hade aktiverats, att avrätta alla Jedi i deras närhet. The Great Jedi Purge vilade ett stort antal Jedi och slutade, med deras död, alla uppdrag och mysterier som fortfarande var kvar att slutföras.
Av alla Jedi som föll den ödesdigra dagen verkade ingen lika brutal som Aayla Securas död på Felucias livliga planet. Star Wars avsnitt III: Revenge of the Sith visar den unga Twi'lek som skjutits ner av sin klonbataljon. Tyvärr, när hon föll, distraherades hon av en fågel och kunde inte reagera. Skottet dröjer dock kvar i några sekunder till och visar klonerna fortsätter att skjuta på hennes inerta kropp. Många frågor har uppstått från hennes fruktansvärda bortgång när fans försöker lista ut varför klonerna verkade så kallblodiga mot henne.
Precis som hennes mästare, Quinlan Vos, valde Secura att gå sin egen väg medan hon följde Jedi Order. Detta visades i hennes klädval och hur hon använde sitt ljussabel med ett omvänd grepp. Secura brydde sig djupt om sin herre, som var unikt stark i styrkan. Många teoretiker tror att hon också var oerhört mäktig i styrkan. Om detta var fallet kan orsaken till att klonerna slår henne ner ha varit att se till att hon inte skulle stå upp för att orsaka massiva skador med sina förmågor.
De flesta av Securas äventyr visar henne inte med någon enorm styrka i Force under Clone Wars. Ändå är det fullt möjligt att hennes förmågor inte hade manifesterats helt än. Alternativt kunde hennes styrka ha kanaliserats genom hennes stridsförmåga som använde ljussabelkamp Form IV och Form V och inkluderade ett överflöd av akrobatik och stötande drag i hög hastighet.
En annan teori som presenterades var starkt knuten till Securas förhållande till hennes klonbataljon. På grund av de många åren som Jedi tillbringade med sina klontrupper bildades många band mellan de två grupperna. Några av de bästa exemplen inkluderar kapten Rex och Ahsoka Tano eller befälhavare Cody och Obi-Wan Kenobi. Med den logiken kan klonerna kontinuerligt ha skjutit på Secura eftersom de kom ihåg historien de delade med henne och ville se till att hennes död var snabb och smärtfri. Om det är sant, skulle det göra deras sista handling som klontrupper till en av de mest barmhärtiga i rensningen.
Aayla Secura var en av de mest medkännande Jedi i ordningen. På grund av detta har hennes våldsamma slut betraktats som en av de mest brutala i Great Jedi Purge. Securas död representerar också den snabba och kirurgiska förödelse som kejsaren hade planerat att uppnå. Det tar mycket att döda en Jedi, och till och med Anakin Skywalker in Det mörka hotet trodde inte att det var möjligt att besegra dem alla. Emellertid bevisade kejsaren honom fel genom att utplåna nästan var och en av dem på ett tag.
Döden hos nästan alla Jedi kom snabbt och våldsamt. Under evenemanget var några av de sista känslorna som överlevande Force-användare kände förräderi och smärta. Till och med Securas död nått ut till Yoda, som var på en helt annan planet vid den tiden. Den exakta anledningen till att klonerna avfyrade så många gånger på Secura är fortfarande ett mysterium. Ändå har detta mysterium gjort det möjligt för fans att återigen spekulera i många andra mysterier i Star Wars-universum.