Ittoki Sakuraba trodde att han bara var en vanlig mellanstadieelev i Shinobi no Ittoki Avsnitt 1, 'A Bolt from the Blue.' Han hade sin vanliga grupp vänner – inklusive en ovanlig barndomsbästa vän vid namn Kousetsu – och en kvinnlig klasskamrat vid namn Satomi Tsubaki som krossade honom. Efter att ha blivit tillfrågad av Satomi, går Ittoki till flickans hus mot sin mammas vilja och väntar bara på en vanlig dejt. Efter att ha avvisat Satomis sexuella närmanden, inser Ittoki snabbt att hon inte är någon typisk klasskamrat. I själva verket är hon en ninja som anlitades för att döda honom .
Utan att veta eller förstå orsaken till försöket på hans liv, springer Ittoki för det, bara för att bli överfallen av fler ninjor som vill ha honom död . Lyckligtvis för Ittoki dyker Kousetsu och hans farbror Tokisada upp i tid för att rädda hans liv, men inte innan den senare avslöjar att han själv är en ninja. När Tokisada tar Ittoki till en hemlig plats får han för första gången veta att han är sin fars efterträdare som ledare för Iga Shinobi-klanen. Sedan hans fars alltför tidiga död hade hans mamma Yumika tjänat som klanens ledare trots att hon inte själv var en ninja.
Ittoki Sakurabas familjearv sätter ett mål på ryggen

Efter den obekväma, actionfyllda introduktionen till Ittoki Sakuraba i avsnitt 1, Shinobi no Ittoki presenterar sin huvudhistoria i avsnitt 2, 'Merciless Choices'. När han väl har haft lite tid att smälta den massiva sanningsbomben om att han är arvtagare till en hundra år gammal ninja-klan, Ittoki lär sig mer om hans dödliga familjeursprung . I det här fallet upptäcker han att ninjor fortsätter att existera i Japan men har anpassat sig till det moderna livet. Detta innebar att förändra hur de hemliga legosoldaterna lever sina liv utan att nödvändigtvis ändra hur de fungerar, vilket hänger ihop med vad som händer med Ittokis liv i nuet.
Utan att lära sig alla detaljer om rivaliteten mellan de två klanerna får Ittoki reda på att Iga Shinobi-klanen har varit engagerad i ett tyst krig med Kouga Shinobi-klanen under en tid. Denna rivalitet är också kopplad till hans fars död, vilket faktiskt bekräftar att han aldrig dog i en olycka som hans mor en gång fick honom att tro. Även om det aldrig avslöjas varför Ittokis far mördades, är det känt att medlemmar av Kouga-klanen försöker hämnas deras tidigare ledares, Kishinmarus, död. Det faktum att den nuvarande Kouga-ledaren riktar Ittoki specifikt för mord antyder starkt att hans far på något sätt var inblandad i Kishinmarus död.
Ittoki Sakuraba fattar ett svårt beslut om sin framtid

Nu när han vet att han inte längre är säker att leva ett normalt liv, tvingas Ittoki till det fatta ett viktigt beslut om sin framtid . Faktum är att han får tre val: träna för att bli en ninja och ta över Iga-klanen som ny ledare, bli dödad av Kouga-klanen eller göm sig. Det senare valet skulle eventuellt lämna hans mor ansvarig för klanen sätter sitt eget liv på spel . Eftersom Ittoki inte är okej med att lämna sin mamma ensam för att städa upp sin pappas röra, tvekar Ittoki inte att välja att bli en ninja och ta över som ny ledare.
När Ittoki har fattat sitt beslut får han reda på existensen av Kokuten Ninja Academy, som också kontrolleras av National Ninjutsu Security Measures Committee, eller NSC. Trots att det är en riktig institution är det få människor i Japan som tror på legitimiteten i skolans existens, vilket hjälper till att hålla den gömd på en hemlig plats. Men för att skriva in sig på skolan måste Ittoki klara sitt dödliga inträdesprov. I det här fallet är provet praktiskt snarare än skriftligt, och för att rektorn ska kunna bedöma sin kompetens och potential som ninja måste han se hur väl han reagerar i vissa situationer.
För att testa sina färdigheter placeras Ittoki i en offentlig miljö - i det här fallet en stormarknad - och utvärderas på hur väl han kan använda smyg för att utföra ett uppdrag utan att bli märkt av åskådare. Tyvärr för Ittoki, saboteras hans examen av Satomi och andra Kouga Clan-ninjor när de överfaller honom i butiken. Detta tvingar Ittoki att skapa en offentlig scen för att tvinga dem att dra sig tillbaka. Även om Ittoki informeras om att han klarade provet trots att han misslyckades i smyg, är hans acceptans fortfarande olycksbådande. Det avslöjas inte bara att hans inträdesprov ägde rum i en Kouga-kontrollerad stormarknad, utan det antyder också starkt att de har infiltrerat skolan och NSC också, vilket betyder att Ittokis liv fortfarande är i fara.